Software WALP-LC de Bruker para iTRAQ en LC/MS/MS

Estimados amigos,
a ver si me podeis aconsejar, aquellos que tengais experiencia, en el software de Bruker Daltonics WALP-LC para LC/MS/MS que proporciona la cuantificación y análisis de ICPL, iTRAQ, e ICAT. Estamos planteándonos empezar a hacer iTRAQ con un LC/MS/MS de Bruker que tenemos aquí y querríamos saber vuestra opinión sobre el software o en qualquier otro que sea compatible. Por otra parte, teneis experiencia en el kit de Applied para iTRAQ?.

Os agradeceré cualquier sugerencia y comentario sobre este tema. Gracias.

Saludos,
Antoni Matilla Dueñas

Investigador Científico
Deparamento de Neurociencias. Unidad de Neurodegenerativas
Instituto de Investigación en Ciencias de la Salud Germans Trias i Pujol (IGTP)
08916 Badalona (Barcelona)

Tel.: 93 497 8687
Fax: 93 497 8654
E-mail: amatilla.igtp.germanstrias@gencat.cat

Pino dijo:

En primer lugar, sobre la aplicación. La versión actual les gusta bastante más que las iniciales. Lo del árbol de navegación resulta de lo más útil. Independientemente que se pueda mejorar, la herramienta que has desarrollado es muy útil si, como parece, vamos a tener que rellenar documentos MIAPE.

En segundo lugar, sobre el contenido del informe, dudamos mucho que parte de la información sea realmente de utilidad para alguien. En general, pensamos que sólo deberían incluirse datos referentes a parámetros que sirvan a otra persona que quisiera reproducir el experimento. Si indico el instrumento que hemos utilizado, no tiene sentido poner datos referentes a las especificaciones técnicas del mismo (Si no tienen el mismo equipo no les valen para nada. Además, probablemente los parámetros que indique sean, probablemente, generales del modelo, no de mi instrumento.) Por otro lado, hay parámetros que son muy específicos de mi instrumento y que cambian bastante incluso entre instrumentos del mismo modelo, qué sentido tienen entonces. Yo creo que la gente que decide los datos a incluir, debería tener un poco más en cuenta la finalidad del informe. Si tienes infinidad de parámetros y resulta engorroso cambiar la información realmente relevante, se corre el riesgo de que la gente ponga siempre el mismo documento sin molestarse en actualizar los pocos parámetros específicos de cada experimento y que realmente sean útiles.

¿Es viable la iniciativa de la incorporación de la generación de MIAPEs en la rutina de los laboratorios de ProteoRed?

Viendo las estadísticas, que de nuevo he colgado en la web en “ProteoRed Library\HUPO-PSI\MIAPE Evaluation\” o directamente aquí, la principal conclusión que se podría sacar respecto a la viabilidad de esta iniciativa en nuestra red es que parece que al menos por ahora, NO es del todo viable. Pero esta respuesta puede tener varios matices, que me gustaría que matizarais (valga la redundancia). Por ejemplo:
¿Es viable?:

• No, aunque sí creo que es útil en determinados casos en los que el cliente requiere publicar el experimento y le van a pedir los datos de los MIAPEs en la revista. Hasta que no me lo pida, no crearé los MIAPEs correspondientes.
• No, porque la herramienta supone un trabajo extra que no estamos dispuestos a hacer…¿por qué? Por falta de tiempo, de recursos humanos, la herramienta aún no es del todo funcional ¿por qué?...
• No, ya que, en nuestro caso, no lo vemos útil ¿por qué?
• Sí, lo incorporaremos en breve… sólo falta que…o estaría bien que…

Me gustaría que me respondieseis a esta pregunta sobre la viabilidad de incorporar los MIAPEs de la forma más explicativa posible, ya que presentaremos en el PSI las conclusiones de todo esto.

Como sabéis, en ProteoRed la incorporación de los estándares internacionales es una apuesta clara que hemos hecho por mejorar la calidad de nuestros servicios. Es cierto que quizás no están del todo desarrollados, o al menos, no existen aún las herramientas necesarias en los software comerciales para generar estos estándares. Sin embargo, los laboratorios pertenecientes a ProteoRed no nos debemos preguntar SI DEBEMOS O NO integrar en nuestros laboratorios estos estándares (en este caso, con respecto a la generación de los informes, los MIAPEs), si no que nos debemos preguntar CUÁNDO los vamos a integrar. Luego, habría que pensar si se debería cobrar más o no, ya que la calidad del servicio aumenta, etc, etc. Muchos pensaréis que ya tenéis bastante trabajo con los análisis que hacéis y que no tenéis tiempo para hacer MIAPEs y demás. Sin embargo, tal vez haya que ir cambiando la perspectiva y pensar que realmente un experimento que lleve “el sello de ProteoRed” no está terminado hasta que no se termina el informe con las directrices MIAPEs, es decir, habría que cambiar la mentalidad y pensar que eso no es un añadido, ya que si pertenecemos a ProteoRed, debemos dar un plus de calidad. Se hacen menos experimentos, de acuerdo, pero serán de mejor calidad. En este caso, se trata de los MIAPEs, pero es extensible a cualquier otra estandarización que podamos incorporar y que incremente la calidad de nuestros resultados.

Simplemente quería comentaros esto, ya que creo que es una reflexión que deberíamos hacer todos en ProteoRed. Por supuesto, cualquier tipo de comentario será bienvenido.

Marina Gay dijo:

En el Mass Spectrometry MIAPE document:

- En el peak list generation no aparece como campo el software con el que lo generas.

- Además tengo una duda, el análisis los espectros después de ser adquiridos es un campo de MS MIAPE o de MSI MIAPE? Por lo que contaste el lunes creo que tiene que ir en MS, pero como no aparece el campo del software usado tengo mis dudas.

Desde CIMA con amor

Siento que no podemos acceder a vuestros comentarios por restricciones ajenas a nuestra voluntad.
Esperamos que vosotros podais ver nuestros comentarios.

La aplicacion de los MIAPEs nos parece muy pesada, los documentos estan bien, pero casi prefeririamos una tabla normal en la que ir modificando los parametros sin necesidad de ir cambiando de pagina web en cada paso.

En el apartado 3.1.2.1.1, pensamos que seria mas util indicar las concentraciones en lugar de los volumenes utilizados de cada reactivo.

No hay MIAPE para MALDI-TOF???

Joaquín Abián dijo:

Los principales comentarios sobre el formulario:

• El formato de relleno está muy fragmentado, demasiados links. Es fácil perderse dentro del árbol ya que no se tiene una vision global del conjunto. Además esa fragmentacion hace que por ejemplo para cambiar la molaridad de un disolvente en una MIAPE de 2d ya hecha, como mínimo hay que hundirse hasta 4-5 niveles (links) desde la hoja de partida. Esto debería ser inmediato.

Y hace el proceso lentísimo.

El formato debería ser más compacto o lineal (Una "form" única para cada MIAPE que puedas ver el documento completo sin tener que ir clickeando continuamente. De hecho el report final sí que contiene toda la informacion en una hoja. ¡No puede ser así tambien la FORM de entrada?.

Además, el formato actual hace difícil la automatización de la entrada de datos por los laboratorios con scripts de usuario que hagan de interfase entre la web y los documentos propios.

Sin embargo, los formularios sugeridos por el PSI para las MIAPES son "lineales", en realidad hojas excel mucho mas fáciles de rellenar. Nosotros estabamos trabajando con el formulario de PSI y es mucho más rapido y efectivo que el formato actual. Además, era posible automatizar la creación de documentos tanto de entrada y de salida con VBA y Perl o Python.

Una solución alternativa es que pudiera subirse la informacion en formato XML (ahora sólo se puede bajar) de forma que sería posible rellenar la documentación off-line con las herramientas propias del laboratorio y luego mediante un script meterlo en formato XML proteored y subirlo automaticamente al servidor...

Creo que en la reunion del WG4 ya se habían sugerido algunas de estas soluciones (como la utilidad del formato excel) pero yo insisto.

Bueno hay otros problemas difíciles de explicar que son evidentes cuando te pones con las manos en la masa a meter datos, por ejemplo:

• puedes poner en un mismo formulario varias muestras con varios métodos pero no hay forma de decir que método corresponde a cada muestra y no hay ningún criterio para rellenarlo, así que cada laboratorio entenderáuna cosa diferente. Creo que este problema también existe en el formulario de PSI.

• hay "idas" y "venidas" en el formulario poco lógicas (resultado de la fragmentación que te comentaba anteriormente) e innecesarias que podrian eliminarse, etc.

Marina Gay dijo:

A mi me ha resultado muy difícil entender como tenía que ir rellenando los campos, además cuando estás dentro de uno de ellos pierdes la perspectiva y ya no sabes dónde estás ni cuanto te queda por rellenar.
Creo que sería muchísimo más útil que no hubiera tanto desplegable!

En cuanto a contenidos, de momento por lo que he podido ver, me parecen correctos.

Los campos de nuestra miapes que están en blanco es porque no los conocemos y los xxxxx es para poder imprimir el report y que aparezca el campo. De esta manera podemos rellenar delante de los equipos lo que nos falta y no sabíamos de memoria (es una manera de tener la prespectiva que te decía que he echado en falta). Por el momento estamos intentando crear las plantillas y hemos empezado por los no informatics pero es sólo porque es el sentido lógico.

Desde el CNB se dijo:

En el CNB han notado que al ir metiendo la información en el documento MIAPE MS falta información, según ellos CRÍTICA, para que un experimento de espectrometría de masas sea reproducible. La información a la que se refieren es básicamente al método de adquisición, es decir, en el caso de trampa iónica, el MIAPE NO pide cosas como:
Unattended data-dependent acquisition mode:

• Enhanced mode

• Range: 300-2000 m/z

• Nº scans

• Selected precursor ions for MS/MS:

• ultrascan mode

• range 100-2200 m/z

• automated gain control: 500.000

• max. accumulation time: 150 ms

Del mismo modo en el caso de MALDI, tampoco se piden este tipo de cosas, aunque sean otras. Yo no entiendo de estos entresijos, pero me parece que lleva razón, ya que el método de adquisición no te lo piden en ningún lado, al menos en detalle. Es cierto que se pide el “parameters file” del Control and analysis software (punto 1.2), que tal vez tenga esa información, pero creemos que es bastante importante para que se pida en detalle en el documento.
¿Qué pensáis vosotros? ¿Habíais pensado en ello?

Utilización de la herramienta online de creación de documentos MIAPE en ProteoRed

Quiero abrir este post para poder recopilar toda la información que se genere a raiz de esta iniciativa. Cualquier comentario que hagáis al respecto lo podéis colgar aquí sin problemas, haciendo click en "comments". Podéis firmar con vuestro nombre, o incluso anónimamente. Espero que este blog sirva de plataforma para desarrollar discusiones acerca de los documentos MIAPE.

A continuación os escribo en qué consiste la iniciativa que más o menos todos sabéis ya:

El plan de trabajo de ProteoRed de aquí a que llegue el workshop de HUPO-PSI en Toledo el próximo 23 de Abril trata de que desde ProteoRed seamos la primera iniciativa “a gran escala” en incorporar en nuestro trabajo diario los estándares que se van desarrollando en HUPO-PSI, y en concreto, los MIAPE.

Por ello, a los miembros de ProteoRed, os queremos pedir que uséis de manera rutinaria desde hoy (27-Febrero 2008) hasta más o menos el 1 de Abril, la herramienta de ayuda para generar MIAPEs. Se trata de que llegado el congreso, Juan Pablo, en nombre de ProteoRed, presente esta iniciativa y comente que tenemos generados X documentos MIAPE en nuestros laboratorios (ya sean 50, 100 o 300), incorporando así los estándares en nuestra red.

En principio, habíamos pensado en generar los documentos MIAPE en experimentos de DIGE y de MALDI-TOF o TOF/TOF, pero tampoco queremos cerrarlo únicamente a esto, por lo que pueden valer todo tipo de experimentos proteómicos. Eso también lo tenéis que ver vosotros, por si en futuro, tal vez cercano o tal vez no, prefiráis realizar estos informes de forma rutinaria con un tipo de experimento concreto para vuestro propio beneficio o el de vuestros clientes.

Ya sabéis que podéis generar tanto documentos MIAPE GE (geles), GI (análisis de imagen), MS (espectrometría de masas hasta generar la lista de picos) y MSI (el análisis de la lista de picos).

A parte de usarlo, por supuesto, queremos recibir vuestras impresiones, críticas y comentarios, para también presentarlos en el congreso (si son de contenido) o para mejorar la herramienta (si es de forma). Yo estaré encima de vosotros casi todas las semanas comentándoos cómo va el proceso en todos los laboratorios y para ayudaros en lo que sea.

Creo que nada más, un saludo, y gracias de antemano por colaborar,

Sugerencias para la reordenación de servicios ofertados en ProteoRed

Con la idea de que los servicios que hemos definido en ProteoRed se adapten lo mejor posible a la realidad, es decir, a lo que ofertamos todos y cada uno de los laboratorios que componen ProteoRed, queremos realizar una posible reordenación de la lista que ya se definió en su día y que es la que se expone en la página web actualmente. Para ello, queremos recibir por vuestra parte todos los comentarios al respecto que creáis oportunos, ya sea incluir un nuevo servicio que no está contemplado ahora, fusionar dos servicios que ahora se especifican como dos diferentes, quitar un servicio, etc…
Esperamos vuestros comentarios.
Gracias por vuestra colaboración.